En France, la Résistance intérieure naît de manière dispersée après la défaite de 1940. Les premiers groupes se forment sans direction unique et parfois sans lien avec Londres. Certains impriment des tracts ou des journaux clandestins, d’autres organisent des filières d’évasion et des réseaux de renseignement. En zone nord, directement occupée, les contraintes diffèrent de celles de la zone sud administrée par Vichy jusqu’en novembre 1942. Des mouvements comme Combat, Libération-Sud ou Franc-Tireur prennent progressivement de l’importance. À partir de 1941, l’entrée du Parti communiste dans la lutte armée après l’invasion de l’URSS modifie également l’équilibre de la Résistance.
Pour de Gaulle, le problème est politique autant que militaire. La France libre doit apparaître comme l’expression de la nation et non comme un groupe extérieur sans assise intérieure. Jean Moulin joue ici un rôle central. Ancien préfet, arrêté et maltraité par les Allemands en juin 1940 après avoir refusé de signer un document mensonger, il rejoint Londres en 1941. De Gaulle le renvoie en France avec la mission de rapprocher les principaux mouvements de zone sud et de les placer sous une coordination commune. Moulin utilise persuasion, négociation et financement pour construire progressivement cette unité.
Le 27 mai 1943, il préside à Paris la première réunion du Conseil national de la Résistance. Le CNR réunit les grands mouvements, les partis politiques et les syndicats, et reconnaît l’autorité du général de Gaulle. Cette unification renforce considérablement sa position face aux Alliés, notamment face aux Américains qui avaient longtemps envisagé d’autres interlocuteurs français. Jean Moulin est arrêté à Caluire le 21 juin 1943. Il meurt peu après pendant son transfert vers l’Allemagne. Son décès en fait après la guerre l’une des grandes figures mémorielles de la Résistance.
L’unification ne signifie pas disparition des divergences. Les communistes, gaullistes, socialistes, démocrates-chrétiens et autres courants conservent leurs projets. En mars 1944, le programme du CNR associe rétablissement des libertés, réformes sociales, nationalisations et sécurité sociale. Les Forces françaises de l’intérieur, constituées au début de 1944, cherchent à coordonner les groupes armés. La Résistance intérieure participe alors aux opérations précédant et accompagnant la Libération. Son importance tient donc à une double fonction : combattre l’occupant et préparer la restauration d’une souveraineté républicaine capable d’éviter un vide politique au départ des Allemands.