Al-Qaïda naît à la fin de la guerre d’Afghanistan contre l’URSS. Les réseaux de volontaires arabes, de financement et de recrutement mis en place autour d’Abdallah Azzam et d’Oussama ben Laden dans les années 1980 constituent un milieu transnational dont une partie survit au retrait soviétique. Vers 1988, ben Laden structure Al-Qaïda comme une organisation destinée à prolonger le combat au-delà de l’Afghanistan. Le réseau s’installe au Soudan entre 1991 et 1996, puis retrouve un sanctuaire en Afghanistan sous protection des talibans.
L’organisation ne fonctionne pas comme une armée territoriale classique. Un noyau dirigeant fixe des priorités, finance des opérations et diffuse une doctrine, tandis que des cellules ou organisations affiliées disposent de marges d’autonomie. Cette structure rend la menace difficile à neutraliser : elle associe camps d’entraînement, réseaux financiers, militants circulant entre plusieurs pays et propagande idéologique. Les attentats de 1998 contre les ambassades américaines en Afrique de l’Est puis l’attaque de l’USS Cole en 2000 démontrent sa capacité opérationnelle avant le 11 septembre.
Le projet d’Al-Qaïda vise d’abord l’« ennemi lointain », c’est-à-dire les États-Unis, accusés de soutenir les régimes arabes et Israël et de stationner des forces dans la péninsule Arabique. Le réseau cherche ainsi à provoquer un affrontement susceptible de radicaliser les sociétés musulmanes et d’affaiblir les gouvernements alliés à Washington. Al-Qaïda se constitue à la fin des années 1980 autour de vétérans du djihad afghan, puis se transforme progressivement en réseau transnational capable de soutenir et d’inspirer des cellules éloignées.