En septembre 1989, trois collégiennes de Creil, dans l’Oise, sont exclues temporairement de leur établissement parce qu’elles refusent de retirer leur foulard islamique en classe. L’affaire prend rapidement une dimension nationale. Elle survient dans une société où l’islam est devenu plus visible du fait de l’installation durable de populations issues de l’immigration. Le débat oppose liberté religieuse, neutralité scolaire, égalité entre les sexes et mission d’intégration de l’école publique.
Saisi par le gouvernement, le Conseil d’État rend un avis le 27 novembre 1989. Il estime que le port de signes religieux par les élèves n’est pas en lui-même incompatible avec la laïcité, sauf s’il constitue un acte de pression, de prosélytisme ou perturbe le fonctionnement du service public. Pendant les années 1990, les établissements doivent donc apprécier les situations au cas par cas, ce qui entraîne de nombreux conflits et contentieux.
L’affaire de Creil ouvre une nouvelle phase de l’histoire de la laïcité. Le principe élaboré au début du XXe siècle pour régler principalement les rapports entre République et catholicisme est désormais mobilisé face à une société religieusement plus diverse. Cette transformation conduit à la commission Stasi en 2003 puis à la loi de 2004 sur les signes religieux ostensibles à l’école.