Après la mort de l’ayatollah Khomeyni en 1989, l’Iran entre dans une phase de reconstruction sous la présidence d’Akbar Hachémi Rafsandjani. Le pays sort épuisé de huit années de guerre contre l’Irak. Mohammad Khatami, élu en 1997, défend ensuite un discours de réforme intérieure et de « dialogue des civilisations ». Ces évolutions ne suppriment pas la structure de la République islamique : le Guide suprême, les Gardiens de la révolution et les institutions non élues limitent fortement le pouvoir présidentiel.
Les relations avec Washington restent hostiles. En 2002, George W. Bush classe l’Iran dans l’« axe du Mal ». Pourtant, la chute des talibans en Afghanistan puis celle de Saddam Hussein en Irak éliminent deux adversaires de Téhéran et créent paradoxalement de nouvelles possibilités d’influence. L’Iran entretient des relations étroites avec des partis chiites irakiens, soutient le Hezbollah libanais et le régime syrien, et développe des liens avec des groupes palestiniens.
Cette politique répond à plusieurs objectifs : protéger le régime, éloigner les menaces de ses frontières et disposer de moyens de pression indirects contre Israël et les États-Unis. Elle alimente en retour la peur d’un « croissant chiite » chez plusieurs monarchies arabes sunnites. L’Iran devient donc une puissance régionale centrale moins par une domination directe que par un réseau d’alliances, de partenaires et de capacités asymétriques.