En 2005, le gouvernement d’Ariel Sharon met en œuvre un désengagement unilatéral de la bande de Gaza. Israël évacue environ 8 000 colons et retire ses forces permanentes de l’intérieur du territoire, sans qu’un accord de paix soit conclu avec l’Autorité palestinienne. Israël conserve un contrôle important sur l’espace aérien, maritime et plusieurs points d’accès, tandis que l’Égypte contrôle sa propre frontière. Le retrait met fin aux implantations israéliennes à Gaza mais ne règle ni la souveraineté ni la sécurité.
En janvier 2006, le Hamas remporte les élections législatives palestiniennes. La rivalité avec le Fatah dégénère en affrontements ; en juin 2007, le Hamas prend le contrôle de Gaza tandis que l’Autorité palestinienne dominée par le Fatah demeure en Cisjordanie. Israël et l’Égypte renforcent alors fortement les restrictions aux frontières. Cette séparation politique entre Gaza et la Cisjordanie affaiblit la représentation palestinienne et complique toute négociation globale.
À partir de 2008, plusieurs guerres et épisodes d’escalade opposent Israël au Hamas et à d’autres groupes armés. Les tirs de roquettes contre les villes israéliennes et les opérations militaires israéliennes produisent un cycle durable de violence. La bande de Gaza devient ainsi un espace densément peuplé, soumis à de fortes restrictions de mouvement et gouverné par un mouvement armé que plusieurs États classent comme organisation terroriste. Le retrait israélien de 2005 est suivi de la victoire électorale du Hamas en janvier 2006 puis de sa prise de contrôle de Gaza en juin 2007, séquence indispensable pour comprendre le blocus ultérieur.