Face aux violences des années 1990, le Conseil de sécurité réactive une idée apparue à Nuremberg : les dirigeants et exécutants de crimes internationaux peuvent être jugés personnellement. Le Tribunal pénal international pour l’ex-Yougoslavie est créé par la résolution 827 du 25 mai 1993. Le Tribunal pénal international pour le Rwanda naît par la résolution 955 du 8 novembre 1994. Ce sont des juridictions ad hoc, limitées à un territoire et à une période déterminés.
Leur apport juridique est majeur. Le TPIY poursuit des responsables politiques et militaires de différents camps et précise les notions de crimes contre l’humanité, responsabilité de commandement et violences sexuelles. Le TPIR condamne en 1998 Jean-Paul Akayesu dans le premier jugement d’une juridiction internationale reconnaissant un génocide depuis l’adoption de la Convention de 1948 ; il établit aussi que le viol peut constituer un acte de génocide lorsqu’il participe de l’intention de détruire le groupe.
Ces tribunaux sont cependant critiqués pour leur coût, leur lenteur et leur éloignement des sociétés concernées. Leur importance dépasse néanmoins leur bilan quantitatif : ils construisent une jurisprudence, accumulent des archives et rendent plus difficile l’idée d’une immunité absolue des dirigeants. Ils préparent directement la création d’une Cour pénale internationale permanente. Le TPIY inculpe notamment des chefs d’État et de gouvernement, ce qui renforce l’idée que la fonction politique ne constitue plus, en principe, une protection absolue contre la responsabilité pénale internationale.