La loi organique de 2001 organise le dispositif. Les premières juridictions pilotes commencent à fonctionner en 2002 ; le déploiement national intervient surtout à partir de 2005 après plusieurs réformes. Les audiences se tiennent dans les cellules et secteurs administratifs. Des juges non professionnels, les inyangamugayo — littéralement des personnes intègres — sont élus par la population. Ils reçoivent une formation limitée et exercent sans disposer de la technicité d’une magistrature de carrière.
Le processus commence par la collecte locale d’informations : listes de personnes tuées, dommages, suspects et témoins. Les accusés sont classés selon la gravité de leur rôle. Les principaux planificateurs et responsables de haut niveau restent d’abord du ressort des juridictions ordinaires ; les dossiers concernant les auteurs, complices ou atteintes aux biens sont répartis entre les gacaca. Les catégories et compétences changent au fil des réformes, ce qui accélère le traitement mais rend le système difficile à résumer par une règle unique. En 2008, des dossiers de violences sexuelles, initialement réservés aux tribunaux ordinaires, sont transférés aux gacaca, décision fortement critiquée au regard de la confidentialité et de la protection des victimes.
L’audience est publique. Les habitants peuvent témoigner, contester une déclaration et présenter des informations. L’accusé peut reconnaître les faits, demander pardon et révéler des éléments utiles. Un aveu complet, formulé suffisamment tôt, réduit la peine. Une partie des peines d’emprisonnement peut être exécutée sous forme de travaux d’intérêt général, appelés TIG, ce qui favorise la réinsertion tout en participant à la reconstruction. Des voies d’appel existent au sein du système.
Ce modèle poursuit plusieurs buts à la fois. Il doit accélérer la justice, faire participer les communautés, révéler ce qui s’est passé localement, combattre l’impunité et permettre la coexistence future. Cette accumulation d’objectifs crée une tension fondamentale : un procès pénal protège des droits individuels, tandis qu’une politique de réconciliation vise la société entière. Une même audience ne peut pas toujours satisfaire pleinement ces deux exigences.