Le Tribunal peut délivrer des mandats mais ne possède pas de force de police. Il dépend de la coopération des États et des forces internationales. Pendant ses premières années, plusieurs dirigeants inculpés restent libres et conservent une influence politique. Les gouvernements de la région utilisent la coopération comme un instrument diplomatique ; l’Union européenne et les États-Unis conditionnent progressivement aides et rapprochements à la remise des accusés.
Cette dépendance nourrit le scepticisme initial. Une accusation sans arrestation peut sembler purement symbolique. À plus long terme, cependant, tous les inculpés sont finalement localisés ou voient leur affaire close selon les règles du Tribunal. Slobodan Milošević est transféré à La Haye en 2001 ; son procès, interrompu avant jugement, ne permet pas de verdict. Radovan Karadžić est arrêté en 2008 et Ratko Mladić en 2011 ; tous deux sont ensuite condamnés définitivement, notamment pour le génocide de Srebrenica et d’autres crimes.
Le temps long produit des effets contradictoires. Il montre qu’une inculpation internationale peut poursuivre un responsable après la perte de son pouvoir et réduire les possibilités de refuge. Mais la lenteur prive des victimes d’une réponse rapide, augmente les coûts et laisse parfois les accusés participer pendant des années à la vie publique. Une justice internationale crédible dépend donc d’institutions politiques disposées à exécuter ses décisions.