À partir du 7 avril 1994, l’assassinat systématique des Tutsi et des opposants politiques se généralise. Les autorités intérimaires, des responsables administratifs, des militaires, des miliciens Interahamwe et des acteurs locaux participent à la mise en œuvre du génocide. Les barrières routières, les listes de personnes recherchées, les rassemblements forcés dans des églises ou des bâtiments publics puis les massacres montrent le rôle déterminant de structures étatiques et locales.
La radio RTLM et le journal Kangura contribuent à la propagande en désignant les Tutsi comme des ennemis à éliminer et en encourageant la mobilisation des tueurs. Les modalités varient selon les régions : dans certaines zones, l’appareil génocidaire doit être imposé ; dans d’autres, les massacres commencent très rapidement. Environ 800 000 personnes sont tuées en quelques mois, très majoritairement des Tutsi, ainsi que des Hutu opposés au génocide ou considérés comme traîtres.
Dans le même temps, le FPR reprend son offensive militaire contre les forces gouvernementales. Il entre à Kigali le 4 juillet et contrôle l’essentiel du pays à la mi-juillet, mettant fin au génocide. La victoire provoque aussi un immense exode vers le Zaïre, où se trouvent parmi les réfugiés des responsables et exécutants du génocide. Les conséquences déstabilisent durablement la région des Grands Lacs. La destruction des Tutsi s’accompagne aussi de l’assassinat de Hutu opposés au projet extrémiste, ce qui confirme la dimension politique organisée du génocide.