Lorsque l’agriculture s’installe durablement, les sociétés modifient les couverts végétaux pour aménager des champs, des pâturages et des voies d’accès. Dans les régions boisées, le défrichement permet d’ouvrir des champs, de constituer des pâturages et de fournir du bois pour l’habitat ou la cuisson. Les techniques employées sont diverses : abattage, brûlis, entretien manuel des parcelles et déplacements périodiques des cultures. Ces transformations ne couvrent pas instantanément de vastes territoires. Elles se diffusent avec les populations, les techniques et les besoins, jusqu’à laisser des traces durables dans les sols et les paysages.
L’agriculture provoque des modifications du fonctionnement écologique. La disparition de certains couverts végétaux réduit parfois la protection des sols contre le ruissellement ; le piétinement des troupeaux et les pratiques culturales peuvent favoriser leur tassement. Sur les versants, l’érosion devient plus intense lorsque les terrains restent longtemps exposés. Mais les sociétés élaborent également des méthodes d’adaptation : rotations et déplacements des parcelles, gestion des pâturages, premiers dispositifs de drainage ou aménagements de terrasses selon les lieux. Les données archéologiques, notamment les pollens conservés dans les sédiments, permettent de reconstituer ces transformations anciennes. L’érosion dépend notamment de la pente, de l’intensité des pluies et des techniques de culture. Les premières communautés agricoles expérimentent également des modes de gestion des sols qui peuvent en limiter les effets.
Les paysages agricoles résultent d’une succession de choix : supprimer une végétation, cultiver, laisser reposer, faire pâturer ou maintenir des haies. Selon les techniques et le relief, ces pratiques peuvent accélérer l’érosion ou contribuer à préserver la fertilité. Le Néolithique n’inaugure pas l’action humaine sur la nature, puisque des sociétés de chasseurs-cueilleurs modifiaient déjà leurs milieux. Il marque néanmoins un changement d’intensité et de durée : une part croissante de l’espace est organisée pour assurer une production alimentaire régulière.