Au printemps 1967, le Proche-Orient est marqué par une montée rapide des tensions. Les affrontements se multiplient entre Israël et la Syrie. L’URSS transmet à l’Égypte des informations erronées sur une prétendue concentration militaire israélienne contre Damas. Nasser déploie ses troupes dans le Sinaï, demande le départ de la force d’urgence de l’ONU puis ferme le détroit de Tiran aux navires israéliens. Israël considère cette décision comme une menace majeure. Le 5 juin, son aviation lance une attaque surprise contre l’Égypte, présentée par les dirigeants israéliens comme préventive, qui détruit au sol l’essentiel des forces aériennes égyptiennes.
La supériorité aérienne acquise dès les premières heures décide largement de la guerre. En six jours, Israël occupe le Sinaï et Gaza aux dépens de l’Égypte, la Cisjordanie et Jérusalem-Est aux dépens de la Jordanie, ainsi que le plateau du Golan pris à la Syrie. La victoire militaire est spectaculaire, mais elle ouvre une situation politique beaucoup plus complexe. Israël contrôle désormais des territoires où vivent de nombreux Palestiniens. Jérusalem-Est est annexée de fait et la question des frontières devient indissociable de celle de l’occupation.
Le Conseil de sécurité adopte en novembre 1967 la résolution 242. Le texte articule le principe d’un retrait israélien de territoires occupés avec la reconnaissance du droit de chaque État de la région à vivre en paix dans des frontières sûres. La formulation devient la base de nombreuses négociations ultérieures. Pour les États arabes, la défaite de 1967 porte un coup sévère au prestige du nassérisme. Pour les Palestiniens, elle accélère l’autonomisation d’organisations comme le Fatah et l’OLP par rapport aux gouvernements arabes. La guerre des Six Jours ne règle donc aucun des conflits antérieurs. Elle les transforme en plaçant au centre la question des territoires occupés et de la représentation politique palestinienne.