La Croatie proclame son indépendance le 25 juin 1991, décision suspendue pendant trois mois sous pression européenne avant de devenir effective en octobre. Une partie importante des Serbes de Croatie, concentrée notamment dans la Krajina, refuse l’autorité du nouvel État et reçoit l’appui de l’Armée populaire yougoslave et de Belgrade. Les combats s’intensifient à l’été 1991. Le siège et la destruction de Vukovar, tombée en novembre, symbolisent la violence de cette première grande guerre yougoslave.
Le conflit s’accompagne d’expulsions, de détentions et de violences contre les civils. Dans les territoires contrôlés par les forces serbes, de nombreux Croates et autres non-Serbes sont chassés. L’ONU déploie en 1992 la FORPRONU afin de stabiliser plusieurs zones protégées, sans régler la question territoriale. Une ligne de front relativement figée subsiste jusqu’en 1995, tandis que la guerre de Bosnie devient le centre principal du conflit régional.
En mai puis en août 1995, les opérations croates Éclair et Tempête reconquièrent l’essentiel des territoires séparatistes. La victoire rétablit le contrôle de Zagreb mais provoque aussi l’exode de dizaines de milliers de Serbes et s’accompagne de crimes contre des civils. La guerre de Croatie rappelle ainsi que la restauration de la souveraineté étatique s’est opérée dans un contexte de déplacements forcés et de violences commises par plusieurs camps, à des échelles différentes. L’opération Tempête d’août 1995 constitue une victoire militaire croate décisive, mais elle provoque aussi l’exode d’une grande partie de la population serbe de Krajina.