Le 24 mars 1999, après l’échec des négociations de Rambouillet, l’OTAN lance une campagne aérienne contre la République fédérale de Yougoslavie. L’opération Allied Force dure soixante-dix-huit jours. Les États occidentaux justifient l’intervention par la nécessité d’arrêter la répression et les déplacements forcés au Kosovo. Ils ne disposent cependant pas d’une résolution du Conseil de sécurité autorisant explicitement l’usage de la force, une telle résolution risquant d’être bloquée notamment par la Russie.
La campagne vise progressivement des installations militaires, des infrastructures et des centres de commandement. Pendant les bombardements, les expulsions d’Albanais du Kosovo s’accélèrent fortement, ce qui montre que l’action militaire ne protège pas immédiatement les populations. Le 9 juin, un accord militaro-technique prévoit le retrait des forces yougoslaves. La résolution 1244 du Conseil de sécurité, adoptée le 10 juin, place le Kosovo sous administration internationale et autorise le déploiement de la KFOR, tout en réaffirmant formellement la souveraineté de la Yougoslavie.
Le Kosovo devient un cas majeur du débat entre légalité et légitimité. L’intervention n’est pas fondée sur une autorisation préalable du Conseil, mais ses défenseurs invoquent une nécessité humanitaire exceptionnelle. Elle contribue ensuite aux réflexions qui aboutiront au concept de « responsabilité de protéger ». La résolution 1244 du 10 juin 1999 donne ensuite une base juridique au dispositif international d’après-guerre, sans rétroactivement autoriser la campagne aérienne de l’OTAN.