La Bosnie-Herzégovine est la république yougoslave où les populations sont les plus imbriquées. Selon le recensement de 1991, elle compte principalement des Musulmans de Bosnie — aujourd’hui appelés Bosniaques —, des Serbes et des Croates. Après un référendum boycotté par la majorité des Serbes de Bosnie, l’indépendance est reconnue internationalement en avril 1992. Les forces serbes de Bosnie, soutenues par Belgrade et disposant d’une part importante de l’armement de l’ancienne armée fédérale, lancent rapidement de vastes offensives.
La guerre devient un conflit territorial et démographique. Les campagnes de « purification ethnique » cherchent à créer des espaces politiquement homogènes par expulsions, camps, meurtres et violences sexuelles. Les Bosniaques sont les principales victimes de ces politiques à grande échelle, même si des crimes sont commis par toutes les forces en présence. À partir de 1993, un conflit oppose aussi Bosniaques et Croates avant que l’accord de Washington de mars 1994 ne rétablisse leur alliance contre les forces serbes de Bosnie.
Le conflit fait environ 100 000 morts et déplace plus de deux millions de personnes. Il révèle l’incapacité initiale des Européens et de l’ONU à imposer une solution. À partir de 1995, l’évolution militaire sur le terrain, l’intervention aérienne de l’OTAN et l’engagement diplomatique américain créent finalement les conditions d’une négociation. La reconnaissance internationale de la Bosnie en avril 1992 ne crée donc pas un État pleinement capable d’exercer son autorité sur l’ensemble du territoire.