La seconde Intifada commence à la fin de septembre 2000 dans un contexte de négociations bloquées et de tension croissante. La visite d’Ariel Sharon sur l’esplanade des Mosquées / mont du Temple le 28 septembre agit comme un déclencheur symbolique, mais la révolte ne s’explique pas par cet événement seul. Les frustrations liées à l’occupation, à l’échec des négociations et aux conditions économiques sont déjà profondes. Les affrontements des premiers jours provoquent rapidement des morts et enclenchent une dynamique de violence réciproque.
Le conflit devient beaucoup plus militarisé que la première Intifada. Des organisations palestiniennes commettent des attentats-suicides contre des civils israéliens ; Israël mène des opérations militaires, des assassinats ciblés et des incursions dans les villes de Cisjordanie. Après une série d’attentats particulièrement meurtriers, l’opération Rempart du printemps 2002 réoccupe temporairement plusieurs centres urbains palestiniens. Israël construit aussi une barrière de séparation dont le tracé, parfois à l’intérieur de la Cisjordanie, suscite une forte controverse internationale.
La seconde Intifada détruit la conviction qu’un accord définitif est proche. Dans la société israélienne, elle renforce la priorité donnée à la sécurité et affaiblit le camp d’Oslo ; côté palestinien, elle approfondit la fragmentation entre l’Autorité palestinienne et les mouvements armés. Le conflit se termine progressivement sans traité de paix, laissant place à une gestion plus unilatérale et sécuritaire.