En janvier 2002, les États-Unis ouvrent un centre de détention sur leur base navale de Guantánamo, à Cuba, pour y transférer des personnes capturées dans le cadre de la guerre contre le terrorisme. L’administration Bush qualifie une partie d’entre elles de « combattants ennemis » et soutient initialement qu’elles ne bénéficient ni du statut ordinaire de prisonnier de guerre ni de l’accès complet aux juridictions fédérales. Le choix du territoire de Guantánamo vise notamment à placer la détention dans une zone juridique considérée comme particulière.
Cette construction est progressivement contestée par la Cour suprême. Dans Rasul v. Bush en 2004, elle reconnaît aux tribunaux fédéraux une compétence pour examiner certaines requêtes de détenus ; Hamdan v. Rumsfeld en 2006 invalide les commissions militaires établies par l’exécutif dans leur forme initiale ; Boumediene v. Bush en 2008 reconnaît aux détenus un droit constitutionnel à l’habeas corpus. Ces décisions montrent que la guerre contre le terrorisme ne place pas l’exécutif hors de tout contrôle judiciaire.
Guantánamo devient aussi un symbole international des pratiques controversées de détention et d’interrogatoire. Tous les détenus ne sont pas accusés d’avoir participé au 11 septembre, et certains restent enfermés pendant de longues années sans jugement pénal ordinaire. L’enjeu dépasse donc la base elle-même : il concerne la capacité d’un État de droit à définir des règles d’exception sans les transformer en espace durable d’indétermination juridique. Les arrêts Hamdan v. Rumsfeld en 2006 et Boumediene v. Bush en 2008 limitent progressivement la capacité de l’exécutif à soustraire durablement les détenus au contrôle judiciaire fédéral.