Le 7 octobre 2001, les États-Unis et le Royaume-Uni lancent l’opération Enduring Freedom contre Al-Qaïda et le régime taliban qui l’abrite. Des frappes aériennes, des forces spéciales américaines et les combattants afghans de l’Alliance du Nord font rapidement reculer les talibans. Kaboul tombe le 13 novembre et Kandahar en décembre. Le noyau d’Al-Qaïda est dispersé, mais ben Laden et plusieurs dirigeants parviennent à échapper aux opérations, notamment autour de Tora Bora.
La conférence de Bonn de décembre 2001 organise une transition politique conduite par Hamid Karzaï. Une Force internationale d’assistance à la sécurité, l’ISAF, est créée par le Conseil de sécurité et passe sous commandement de l’OTAN en 2003. L’objectif américain se transforme : à la destruction d’un sanctuaire terroriste s’ajoutent la reconstruction d’un État, la formation de forces afghanes et la consolidation d’institutions démocratiques. Cette extension des buts rend l’opération beaucoup plus longue et coûteuse.
À partir du milieu des années 2000, les talibans reconstituent une insurrection, profitant des sanctuaires au Pakistan, de la faiblesse de l’État afghan et des erreurs de la coalition. La guerre dure vingt ans. Le retrait occidental en 2021 et le retour des talibans à Kaboul montrent la différence entre le succès initial de 2001 — priver Al-Qaïda de son sanctuaire immédiat — et l’échec du projet de transformation durable de l’Afghanistan. L’accord de Bonn du 5 décembre 2001 marque le passage d’une opération antiterroriste à un projet plus ambitieux de reconstruction institutionnelle de l’Afghanistan.