À l’automne 1995, les conditions d’une négociation sont réunies : les rapports de force militaires ont changé, l’OTAN a intensifié la pression et Washington prend la direction du processus diplomatique. Les présidents Slobodan Milošević pour la Serbie, Franjo Tuđman pour la Croatie et Alija Izetbegović pour la Bosnie-Herzégovine négocient sur la base américaine de Dayton, dans l’Ohio. L’accord est paraphé le 21 novembre puis formellement signé à Paris le 14 décembre 1995.
Dayton maintient l’existence internationale de la Bosnie-Herzégovine mais organise l’État autour de deux entités : la Fédération de Bosnie-Herzégovine, à majorité bosniaque et croate, et la Republika Srpska. Une présidence collégiale et des institutions centrales coexistent avec de larges compétences territoriales. Une importante force militaire internationale dirigée par l’OTAN remplace la FORPRONU afin de garantir l’application militaire de l’accord.
Le compromis réussit son objectif principal : la guerre ne reprend pas. Il institutionnalise pourtant une grande partie des divisions produites par le conflit. Le système de représentation fondé sur les trois « peuples constitutifs » rend les institutions complexes et favorise la persistance de partis ethnonationaux. Dayton constitue donc à la fois une réussite de pacification et une architecture politique dont les limites continuent de peser sur la Bosnie. Les accords sont paraphés à Dayton le 21 novembre 1995 puis signés à Paris le 14 décembre, ce qui distingue la conclusion politique de son acte diplomatique formel.