Après les élections législatives de juin 1968, De Gaulle dispose paradoxalement d’une majorité parlementaire plus large qu’avant la crise. Son autorité politique personnelle a pourtant été atteinte. Georges Pompidou, qui a joué un rôle central dans la sortie de crise, quitte Matignon en juillet. Le président cherche à reprendre l’initiative par une réforme portant sur la régionalisation et sur le Sénat. Il décide de soumettre le projet au référendum et annonce qu’il quittera ses fonctions en cas de rejet.
Le scrutin du 27 avril 1969 dépasse rapidement le contenu technique de la réforme. Pour les oppositions, il devient un vote sur De Gaulle lui-même. Une partie de la droite modérée reste réservée, tandis que Valéry Giscard d’Estaing annonce qu’il ne votera pas en faveur du projet. Le « non » l’emporte avec 52,4 % des suffrages exprimés. Fidèle à l’engagement pris, De Gaulle démissionne dès le lendemain et se retire à Colombey-les-Deux-Églises. Georges Pompidou est élu président en juin.
La démission illustre la conception gaullienne du pouvoir. Le président tire une part essentielle de sa légitimité d’un lien direct avec le peuple, régulièrement vérifié par le référendum ou l’élection. Lorsque ce lien lui paraît rompu, il refuse de gouverner sur la seule base d’une majorité parlementaire. Son départ ne provoque toutefois pas l’effondrement du régime. Les institutions fonctionnent, l’élection présidentielle se déroule normalement et la majorité gaulliste demeure. Ce passage est décisif : la Ve République cesse d’être seulement le régime d’un fondateur charismatique et prouve qu’elle peut organiser une succession institutionnelle.