De Gaulle n’est pas hostile à la construction européenne. Son projet diffère toutefois de celui des fédéralistes et de certains responsables communautaires. Il accepte la Communauté économique européenne créée par les traités de Rome et voit dans le rapprochement franco-allemand un moyen de stabiliser le continent. Le traité de l’Élysée, signé avec Konrad Adenauer le 22 janvier 1963, institutionnalise une coopération étroite entre Paris et Bonn. Pour le président français, l’Europe doit augmenter la capacité d’action de ses nations, non les dissoudre dans une autorité supérieure. La ratification allemande du traité de l’Élysée ajoute toutefois un préambule réaffirmant l’attachement de la RFA aux États-Unis, à l’OTAN et à l’intégration européenne, ce qui limite l’espoir gaullien d’en faire le noyau d’une Europe plus indépendante de Washington.
Cette conception explique plusieurs affrontements. Les plans Fouchet de 1961-1962 proposent une coopération politique intergouvernementale, mais échouent face aux craintes des partenaires, attachés aux institutions communautaires et au lien atlantique. De Gaulle oppose également son veto à l’entrée du Royaume-Uni dans la CEE en 1963 puis en 1967, jugeant Londres trop dépendant des États-Unis. En 1965, la « crise de la chaise vide » bloque pendant plusieurs mois le fonctionnement communautaire. Le compromis de Luxembourg de janvier 1966 reconnaît de fait une possibilité de veto lorsqu’un État estime qu’un intérêt très important est en jeu.
La politique européenne gaullienne combine donc engagement et résistance. La France participe au marché commun, à la politique agricole commune et au rapprochement franco-allemand, tout en freinant les évolutions supranationales. Cette tension ne constitue pas une contradiction accidentelle. Elle correspond à une doctrine : construire une Europe puissance par la coopération de nations souveraines. Le débat entre intégration supranationale et Europe intergouvernementale, déjà vif dans les années 1960, restera l’un des grands clivages de la construction européenne.