Les guerres de Yougoslavie placent la France devant un dilemme nouveau après la guerre froide. Dès 1992, des soldats français participent à la FORPRONU, force des Nations unies chargée notamment de protéger l’aide humanitaire et certaines zones de sécurité. La logique initiale reste celle du maintien de la paix, alors même que les belligérants poursuivent une guerre active. Cette contradiction expose les contingents à de nombreuses humiliations et pertes.
En 1995, après Srebrenica et de nouvelles attaques contre Sarajevo, Paris soutient une posture plus coercitive. Les forces françaises participent à la Force de réaction rapide puis à la mise en œuvre des accords de Dayton sous commandement de l’OTAN. En 1999, la France prend part aux frappes contre la République fédérale de Yougoslavie pendant la guerre du Kosovo, sans mandat explicite du Conseil de sécurité.
Les Balkans transforment donc la culture stratégique française. L’expérience montre les limites d’une présence internationale incapable d’imposer le respect de son mandat. Elle rapproche également la France de l’OTAN sur le plan opérationnel, malgré les réserves héritées du gaullisme. La période prépare le retour complet dans les structures militaires intégrées décidé en 2009. La participation française à l’IFOR puis à la SFOR en Bosnie, et à la KFOR au Kosovo, montre le passage d’une logique de présence onusienne à des opérations plus robustes sous commandement de l’OTAN.