Après l’échec du traité constitutionnel, les États cherchent une réforme institutionnelle moins symboliquement ambitieuse. Le traité de Lisbonne est signé le 13 décembre 2007 et entre en vigueur le 1er décembre 2009. Il modifie les traités existants plutôt que de les remplacer par un texte présenté comme une Constitution.
Lisbonne reprend plusieurs innovations du projet précédent : président stable du Conseil européen, Haut Représentant pour les affaires étrangères, extension du vote à la majorité qualifiée, rôle accru du Parlement européen et valeur juridiquement contraignante de la Charte des droits fondamentaux. Il donne aussi à l’Union une personnalité juridique unique.
La ratification reste difficile. Les Irlandais rejettent d’abord le texte en 2008 avant de l’approuver lors d’un second référendum en 2009 après l’obtention de garanties. Lisbonne améliore le fonctionnement d’une Union élargie, mais il ne clôt pas le débat sur la légitimité. Quelques mois après son entrée en vigueur, la crise de la dette oblige l’Union à inventer des mécanismes de solidarité et de surveillance que le traité n’avait pas anticipés. Lisbonne rationalise donc l’architecture institutionnelle sans résoudre la question d’une souveraineté politique européenne unifiée.