L’obstacle est à la fois humain, institutionnel et quantitatif. La justice rwandaise doit se reconstruire tout en examinant un nombre exceptionnel d’accusations. Des procès ordinaires complets pour chaque détenu auraient demandé des décennies, prolongeant des détentions provisoires déjà massives. Ne rien faire aurait pourtant entretenu l’impunité et favorisé les accusations collectives. Le problème n’est donc pas seulement de juger, mais de trouver une échelle de justice compatible avec l’ampleur du crime.
Plusieurs niveaux de justice se mettent en place. Le Tribunal pénal international pour le Rwanda, créé par le Conseil de sécurité en novembre 1994 et installé à Arusha, poursuit un nombre limité de dirigeants. Les tribunaux nationaux jugent les dossiers relevant de leur compétence. Les États étrangers peuvent engager des poursuites selon leurs lois. Enfin, le gouvernement rwandais transforme une pratique communautaire appelée gacaca en un vaste système pénal destiné à traiter la majorité des affaires.