L’apport juridique du TPIY apparaît d’abord dans l’affaire Tadić. En confirmant la légalité du Tribunal et en précisant le droit applicable aux conflits armés internes, la juridiction contribue à réduire la distinction autrefois très forte entre les règles protégeant les victimes des guerres interétatiques et celles applicables aux guerres civiles. La nature interne d’un conflit ne peut plus servir à soustraire les crimes graves au droit international humanitaire.
Le Tribunal joue également un rôle important dans la qualification des violences sexuelles. Plusieurs affaires, notamment celles concernant Foča, montrent que le viol et d’autres violences peuvent constituer selon les circonstances des actes de torture, des crimes de guerre ou des crimes contre l’humanité. Ces décisions donnent une portée juridique internationale à des violences longtemps traitées comme secondaires ou inévitables dans les conflits.
La jurisprudence développe aussi la responsabilité du supérieur hiérarchique. Un commandant peut être pénalement responsable s’il savait, ou avait des raisons de savoir, que ses subordonnés commettaient des crimes et s’il n’a pas pris les mesures nécessaires pour les prévenir ou les sanctionner. Le droit cherche ainsi à reconstituer les chaînes de commandement sans confondre responsabilité politique générale et culpabilité pénale individuelle.
Le TPIY contribue enfin à consolider le principe selon lequel les crimes doivent être attribués à des personnes précises et non à des peuples. Ses accusés appartiennent à plusieurs camps et à différents niveaux de responsabilité. Cette diversité ne crée pas une symétrie artificielle entre les violences ; elle traduit la méthode pénale, qui examine chaque dossier à partir de faits et de preuves propres.
Avec le Tribunal pour le Rwanda, le TPIY devient ainsi un laboratoire de la justice pénale internationale contemporaine. Son fonctionnement, sa jurisprudence et ses difficultés influencent le Statut de Rome adopté en 1998. La Cour pénale internationale qui en résulte repose toutefois sur une architecture différente : elle est fondée par traité et intervient selon le principe de complémentarité avec les juridictions nationales.
Le TPIY est le premier tribunal pénal international créé depuis Nuremberg et Tokyo. Avec le Tribunal pour le Rwanda, il démontre qu’une juridiction internationale peut fonctionner durablement, inculper de hauts responsables et développer une jurisprudence. Ses pratiques influencent le Statut de Rome adopté en 1998 et la Cour pénale internationale entrée en fonction en 2002, même si celle-ci repose sur un traité et sur le principe de complémentarité avec les juridictions nationales.
Le Tribunal ferme le 31 décembre 2017. Le Mécanisme international appelé à exercer les fonctions résiduelles des Tribunaux pénaux poursuit certaines tâches : appels restants, protection des témoins, supervision des peines, assistance aux juridictions nationales et conservation des archives. La clôture de l’institution ne met donc pas fin à ses obligations ni à la bataille publique autour de son héritage.