En Bosnie-Herzégovine, la fragmentation de la fédération prend une dimension particulièrement violente. À partir de 1992, le contrôle des territoires devient indissociable de leur composition démographique. Des populations sont expulsées, internées ou persécutées afin de rendre certaines zones plus homogènes. La violence contre les civils n’est donc pas seulement un effet du combat : elle peut devenir un moyen de conquête et de réorganisation territoriale.
L’expression « nettoyage ethnique » désigne cette logique d’expulsion et de transformation forcée d’un espace. Elle ne constitue pas à elle seule une qualification pénale équivalente au génocide : les actes commis peuvent relever des crimes de guerre, des crimes contre l’humanité ou, lorsque l’intention spécifique de détruire un groupe est démontrée, du génocide. Cette distinction permet de décrire la stratégie territoriale sans confondre les catégories juridiques.