L’histoire d’Al-Qaïda commence dans le contexte de la guerre d’Afghanistan provoquée par l’intervention soviétique de décembre 1979. Des volontaires étrangers rejoignent les combattants afghans. Des réseaux de financement, de recrutement et de soutien se constituent autour de plusieurs figures, parmi lesquelles Oussama ben Laden et Abdallah Azzam. Al-Qaïda, littéralement « la base », émerge vers 1988. Le retrait soviétique achevé en 1989 ne provoque pas la disparition de ces réseaux. Certains vétérans réinvestissent leur expérience dans d’autres conflits. La rupture de Ben Laden avec la monarchie saoudienne s’accentue après la guerre du Golfe de 1990-1991 et l’installation de forces américaines en Arabie saoudite. Après un séjour au Soudan, il rejoint l’Afghanistan gouverné par les talibans à partir de 1996.
L’organisation construit progressivement une représentation mondiale de ses adversaires. Les États-Unis deviennent « l’ennemi lointain » : selon cette stratégie, frapper la puissance qui soutient plusieurs gouvernements du Moyen-Orient doit fragiliser l’ensemble de l’ordre régional combattu par Al-Qaïda. Les déclarations de 1996 et 1998 montrent que l’organisation possède des objectifs politiques : réduire la présence américaine, affaiblir ses alliés et favoriser l’établissement d’un ordre politique conforme à son idéologie. Al-Qaïda compense son immense infériorité militaire par une stratégie asymétrique. Elle ne cherche pas à détruire les forces américaines sur un champ de bataille conventionnel. Elle privilégie des actions limitées en moyens mais susceptibles de produire une répercussion politique et médiatique considérable. Après 2001, l’organisation évolue davantage encore vers une logique de réseau. Une direction centrale subsiste, mais des organisations affiliées développent leurs propres implantations régionales. Ce système augmente sa résilience : supprimer un chef ou un sanctuaire ne suffit plus nécessairement à éliminer l’organisation.
La géographie d’Al-Qaïda n’est pourtant pas véritablement « sans territoire ». Ses branches prospèrent généralement dans des espaces où l’autorité étatique est faible, où une guerre existe déjà ou où des tensions locales peuvent être exploitées. Le réseau mondial se greffe donc sur des conflits locaux. La notion clausewitzienne de politique reste ici utile. La structure institutionnelle de la guerre change radicalement, mais la violence demeure orientée vers un effet politique.