Dans les années 1990, la Russie accepte difficilement l’élargissement de l’OTAN aux anciens membres du pacte de Varsovie. Moscou participe pourtant à des mécanismes de coopération : Partenariat pour la paix en 1994, Acte fondateur OTAN-Russie en 1997, puis Conseil OTAN-Russie en 2002. L’entrée de la Pologne, de la Hongrie et de la République tchèque en 1999, suivie en 2004 par sept nouveaux membres dont les États baltes, modifie néanmoins profondément la géographie stratégique de l’Europe.
Pour les pays d’Europe centrale, l’adhésion répond à l’expérience historique de la domination soviétique et à une demande de garantie occidentale. Pour une part croissante des élites russes, elle apparaît comme le signe que la Russie n’est pas intégrée à égalité dans l’ordre européen. Il n’existe pas de traité de 1990 interdisant juridiquement l’élargissement, mais les débats sur les assurances verbales de l’époque alimentent les perceptions contradictoires. L’élargissement devient donc un facteur important de tension sans expliquer à lui seul l’évolution ultérieure de la politique russe.
Le sommet de Bucarest d’avril 2008 ajoute une nouvelle ambiguïté : l’Alliance déclare que l’Ukraine et la Géorgie « deviendront membres », sans leur accorder immédiatement de plan d’adhésion. Cette promesse sans calendrier satisfait mal les candidats tout en renforçant les inquiétudes russes. La création du Conseil OTAN-Russie en 2002 montre qu’élargissement et coopération coexistent encore un temps, avant que la relation ne se dégrade beaucoup plus fortement.