À partir de 1643-1644, les négociations se développent principalement dans deux villes de Westphalie : Münster et Osnabrück. Cette organisation en deux lieux répond notamment aux divisions confessionnelles et aux problèmes de protocole. Münster accueille principalement les délégations catholiques et les négociations impliquant la France. Osnabrück accueille davantage les délégations protestantes et la Suède. Il ne s’agit pas encore d’une conférence internationale moderne. Il n’existe ni secrétariat permanent, ni calendrier unifié, ni procédure commune comparable aux grandes organisations contemporaines. La diplomatie repose sur des ambassadeurs, des courriers, des instructions adressées par les souverains et de multiples médiateurs. L’innovation réside surtout dans la multilatéralisation de la négociation. Les princes du Saint-Empire participent aux discussions. Les puissances étrangères interviennent dans la recherche du nouvel équilibre. Aucune autorité unique ne peut imposer seule le règlement.
Les négociations ont lieu alors même que la guerre continue. Les opérations militaires cherchent parfois à améliorer la position d’un acteur à la table des négociations. Cette simultanéité est fondamentale : la paix n’est pas extérieure au rapport de force militaire. Elle se construit à partir de lui. Les négociateurs ne cherchent pas à faire disparaître toutes les rivalités ou à réconcilier moralement les adversaires. Ils cherchent un ensemble de compromis suffisamment avantageux pour que chacun préfère la paix à la poursuite des combats.