Le sommet de Camp David de juillet 2000 ne permet pas d’obtenir un accord final entre Ehud Barak et Yasser Arafat. Les responsabilités exactes de l’échec restent débattues. Les positions sur Jérusalem, les réfugiés, les frontières et la sécurité demeurent difficiles à concilier. Les négociations de Taba en janvier 2001 montrent pourtant que certaines convergences restent possibles. La seconde Intifada, déclenchée à l’automne 2000, transforme fortement le contexte. La violence augmente et détruit une grande partie de la confiance construite dans les années précédentes. Israël développe à partir de 2002 une barrière de séparation, présentée comme une mesure de sécurité. Son tracé et ses effets territoriaux suscitent de fortes contestations palestiniennes et internationales. Les colonies israéliennes continuent parallèlement de transformer la géographie de la Cisjordanie.
Du côté palestinien, la rivalité entre Fatah et Hamas devient majeure. Après la victoire du Hamas aux élections législatives de 2006 puis les affrontements de 2007, Gaza et la Cisjordanie disposent de pouvoirs palestiniens rivaux. Il n’existe donc plus un seul interlocuteur palestinien capable d’engager l’ensemble du mouvement national. L’échec du processus s’explique finalement par une combinaison de questions non réglées, fragmentation politique et faits accomplis territoriaux.