Kofi Annan, diplomate ghanéen entré à l’ONU en 1962, dirige le département des opérations de maintien de la paix entre 1993 et 1996. Il devient secrétaire général de 1997 à 2006. Son expérience est profondément marquée par les échecs du milieu des années 1990. Au Rwanda en 1994, la mission de l’ONU dispose d’un mandat et de moyens insuffisants pour empêcher le génocide. À Srebrenica en juillet 1995, une zone déclarée « sûre » par l’ONU ne bénéficie pas de la protection effective nécessaire. Ces catastrophes révèlent plusieurs problèmes. Le Conseil de sécurité peut adopter des mandats sans que les États fournissent ensuite les hommes, les équipements ou la volonté d’emploi de la force correspondants. Le Secrétariat lui-même doit améliorer sa capacité d’alerte, d’analyse et de communication avec le Conseil.
Une troisième difficulté tient à la notion de neutralité. Une mission internationale peut-elle rester passive lorsqu’un acteur viole un accord ou attaque des civils sous prétexte de ne pas prendre parti ? Annan cherche progressivement à déplacer la doctrine vers une sécurité davantage centrée sur les personnes. Cette évolution participe au développement de la notion de sécurité humaine : la sécurité internationale ne concerne plus seulement la protection des frontières et des États, mais également la protection des individus. L’enjeu n’est pas de remplacer la souveraineté. Il est de redéfinir sa signification : un État souverain possède des droits, mais également des responsabilités envers sa population.